La sua ideazione verso la fine del XVI secolo, fu voluta dal viceré Enrique de Guzmán, conte di Olivares, il quale governò a Napoli dal 1595 al 1599, con i lavori terminati tra il 1600 e il 1601, durante il viceregno del conte di Lemos, su direzione dell'architetto svizzero Domenico Fontana. La fontana venne edificata dai grandi maestri Michelangelo Naccherino che realizzò il Nettuno, Angelo Landi e Pietro Bernini che scolpì i mostri marini. Inizialmente collocata presso l'Arsenale del porto, rimasta a secco di acqua a causa del luogo scarso di sorgenti, nel 1628 per iniziativa del viceré duca d'Alba don Alvares de Toledo fu trasportata al largo di Palazzo, odierna piazza Plebiscito presso il Palazzo Reale. smontata e trasportata da Vitale Finelli e Matteo de Curtis. La fontana si vede disegnata dal topografo Alessandro Baratta nella nuova collocazione all'interno della prima edizione della sua veduta della città, pubblicata nel 1629. Ma essendo la piazza utilizzata per feste cittadine e sfilate risultò d'intralcio per tale uso, e nel 1634 durante il viceregno del conte di Monterey fu spostata a Santa Lucia, presso il baluardo d'Alcalà, dove fu arricchita dalle sculture di Cosimo Fanzago e dei suoi figli. Cesare Carmignano, ideatore dell’acquedotto cittadino aperto nel 1629, progettò la tubazione che avrebbe alimentato la fontana nel suo nuovo posizionamento. Nei primi mesi del 1639 venne di nuovo trasferita dal viceré Ramiro Felipe Núñez de Guzmán, duca di Medina di las Torres, presso il “largo delle Corregge”, in corrispondenza della chiesa di San Gioacchino (conosciuta anche come la chiesa di San Diego all'Ospedaletto) e incaricò il Fanzago, con la collaborazione di Donato Vannelli e Andrea Iodice, di abbellirla ulteriormente aggiungendovi delfini e cavalli marini ed otto leoni con gli stemmi delle casate spagnole più importanti dell'epoca, tra cui quello dello stesso duca di Medina e della moglie Anna Carafa, famosa per il palazzo Donnanna di sua proprietà, i lavori ebbero termine nel 1642. Da allora la strada abbellita dalla fontana e dal nuovo impianto urbano prese il nome di via Medina.

Dovette subire gli oltraggi del popolo durante la rivolta di Masaniello (1647/48), e l'anno successivo oggetto di restauro da parte dello Iodice e di Francesco Castellano. Il viceré Pedro Antonio d'Aragona ne asportò alcune statue nel 1672, fu di nuovo parzialmente restaurata nel 1675 e dopo questa data ebbe probabilmente un ulteriore spostamento, presso l'inizio della via del Molo Grande.

Venne poi segnalata sia da Carlo Celano nel 1692 e da Domenico Antonio Parrino, nel suoi tomo “Nuova guida de’ Forestieri” edito nel 1725 poi, presso il palazzo Caravita di Sirignano, all'inizio di via Medina (dove iniziava pure la via del Molo, che scendeva appunto verso il Molo Grande). Anche sulla mappa del duca di Noja, del 1775, prima carta topografica moderna della città voluta da re Carlo III di Borbone, la indica collocata in questo punto di via Medina.

Dove vi rimase per circa due secoli, nel 1886, in relazione dei grandi lavori del "Risanamento" e che prevedevano il rifacimento di via Medina, fu rimossa da quel luogo e depositata nelle grotte di Pizzofalcone (in via della Pace, attuale via Domenico Morelli, oggi sede della Associazione Culturale Galleria Borbonica). Nell'aprile 1896 il regio commissario Ottavio Serena deliberò che la fontana fosse posta in una nuova piazza ottenuta dai lavori del Risanamento: piazza Agostino Depretis (attuale piazza Nicola Amore), ma per problemi, di cui non si conosce la ragione, non venne più posta in tale piazza. Nel novembre dello stesso anno, su proposta della Commissione Municipale per i monumenti doveva essere ubicata presso la nuova piazza Municipio, allargata dalla demolizione da alcuni edifici che vi sorgevano di presso, ma non ebbe attuazione.

Nel 1898 (anno dell'ultima delibera Comunale) finalmente collocata in piazza della Borsa (attuale piazza Bovio), dove rimase fino al 2000, quando, rimossa per l'apertura del cantiere della metropolitana riapparve nel 2001 in via Medina dopo accurato intervento di restauro.

Nel 2014 la fontana è stata restaurata e smontata per essere poi ricostruita in piazza Municipio dinanzi palazzo San Giacomo, come previsto dal progetto della nuova piazza dagli architetti Alvaro Siza e Eduardo Souto de Moura che hanno anche progettato la sottostante stazione Municipio della linea 1 della metropolitana. L'inaugurazione della fontana e la conseguente apertura al pubblico della parte di piazza dove è collocata sono avvenute il 23 maggio 2015, in concomitanza dell’inaugurazione della stazione “Municipio” del metrò alla presenza delle autorità